Escribimos en la consola:
$ sudo vim /etc/xdg/lxsession/Lubuntu/desktop.conf
Ubicamos dentro del archivo la línea:
file_manager/command=pcmanfm
y la cambiamos por esta otra:
file_manager/command=nautilus
Y al reiniciar la sesión tendremos a Nautilus como nuestro nuevo gestor de archivos por defecto en Lubuntu.